Parafię założyli miejscowi właściciele dla swoich obszernych majątków, wyłączając ją z lalkowskiej parafii, prawdopodobnie wówczas, kiedy Lalkowy dostały się Krzyżakom, przypuszczalnie około roku 1300.

Obecny kościół wzniesiono w 1622 roku w miejsce drewnianego, staraniami ówczesnego dziedzica jańskiego Piotra Kostki, podkomorzego malborskiego i chełmińskiego, dobudowując go do istniejącej od XIV wieku gotyckiej, masywnej wieży.

Kościół pw. Świętej Trójcy jest najstarszym zachowanym do naszych czasów obiektem wybudowanym przez Kostków, a jego wyposażenie pochodzi głównie z epoki baroku i rokoka. Jak podają źródła historyczne, 7 sierpnia 1633 roku kościół został konsekrowany przez biskupa Macieja Łubińskiego.

W ostatnich latach odnowiono w nim m.in. ołtarz główny, ołtarze boczne, ambonę, chrzcielnicę, organy i fragment średniowiecznej wieży.